有机蔬菜免除不了病虫害的侵扰，在经过一系列的综合防治过后，如果仍不见好转的话，还可以采用药物防治的措施来控制病虫害。

这种药物防治并不是常用的化学农药之类的，而是指使用无毒无害无污染的三无药品-氨基酸营养液，这种营养液不仅能够提高农作物的产量，还能在根本上提高农作物的抗性，属于生物肥料。此外还可以用石灰、硫磺和波尔多液来配合防治病虫害。对于一些真菌病害，还可以有限制的使用含铜的药物，比如氢氧化铜和硫酸铜等。软皂、植物制剂和食用醋等一些常见物质都可以用来抑制农作物的真菌病害，还有化学课上常见的高锰酸钾也是很好的杀菌剂，对多种病害都能有效防治。

此外鱼藤酮、除虫菊酯、乳化植物油这些从植物中提取的药物都可以有限制的使用，还有一种叫做硅藻土的硅质岩石也可以用来消除虫害。